En 1841, pour commémorer le cinquantième anniversaire de la mort de Wolfgang Amadé Mozart, un groupe de citoyens de la classe moyenne a fondé l'Association de musique de la cathédrale et le Mozarteum. Ils voulaient ainsi donner un nouvel élan à la vie musicale de Salzbourg en organisant des concerts et s'assurer qu'il y ait suffisamment de jeunes instrumentistes pour les offices religieux dans la cathédrale de Salzbourg. En 1870, la Fondation internationale du Mozarteum a été créée pour encourager les jeunes musiciens talentueux, et en 1881, elle a repris l'école publique de musique du Mozarteum.
En 1914, le Mozarteum a été reconnu comme un conservatoire de droit public ; en 1922, il a été nationalisé pour des raisons financières, et en 1939, il a été transformé en Reichshochschule Mozarteum. À la fin de la Seconde Guerre mondiale, le Mozarteum a été temporairement maintenu sous le nom de "lycée musical". En 1953, le lycée musical est devenu une académie et à partir de 1970, il a été connu sous le nom d'Académie de musique et d'art du spectacle du Mozarteum à Salzbourg. En 1998, à la suite de la réforme des universités autrichiennes, l'ancienne académie de musique est devenue la désormais célèbre université Mozarteum de Salzbourg.